Archive for the ‘Par thématique’ Category

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La fonction CATQ pour concaténer tout en ajoutant des guillemets avec SAS 9.3 et plus

février 23, 2019

La fonction catq est disponible depuis SAS 9.3. La particularité de cette fonction est de pouvoir ajouter des guillemets simples (single quotes) ou des guillemets doubles (double quotes) autour des différentes valeurs à concaténer.

Un des avantages de la fonction catq est de pouvoir travailler autant avec les valeurs numériques qu’avec les valeurs caractères. On fera néanmoins attention aux valeurs infinies comme 1/3.

Exemple 1

data catq;
    x=catq('1' ,'ABC ',2," EFG",' ');
    put x=;

    x=catq('2' ,'ABC ',2," EFG",' ');
    put x=;
run;

Dans ce premier exemple, on voit que le 1 permet d’ajouter des guillemets simples alors que le deux permet d’ajouter des guillemets doubles. Dans le cas présent, seules les valeurs caractères ont des guillemets.

x='ABC ' 2 ' EFG' ' '
 x="ABC " 2 " EFG" " "

Exemple 2

data catq;
   x=catq('1'     ,'ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;

   x=catq('1a'    ,'ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
 
   x=catq('1c'    ,'ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
   
   x=catq('1ac'    ,'ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
run;

Dans ce second exemple, on voit que la lettre a pour que toutes les valeurs soient entre guillemets, y compris les valeurs numériques.

Si on souhaite ajouter la virgule (comma) entre les différentes valeurs à concaténer avec la lettre c, il faudra impérativement garder la lettre a.

 x='ABC ' 2 ' EFG' ' '
 x='ABC ' '2' ' EFG' ' '
 x=ABC ,2, EFG,
 x='ABC ','2',' EFG',' '

Exemple 3

Une autre manière d’ajouter la virgule comme séparateur entre les valeurs est d’utiliser la lettre d (delimiter) et de préciser le séparateur dans le second argument de la fonction ; cet argument est optionnel et ne servira qu’avec la lettre d.

data catq;
   x=catq('c','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;

   x=catq('d',',','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x= /;
  
   x=catq('1ac','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;

   x=catq('1ad',',','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
run;

Nous obtenons le même résultat qu’on utilise c ou d avec l’argument optionnel. La lettre d offre juste plus de possibilités.

 x=ABC ,2, EFG,
 x=ABC ,2, EFG,
 x='ABC ','2',' EFG',' '
 x='ABC ','2',' EFG',' '

Exemple 4

Lorsqu’on n’a pas besoin des guillemets autour des différentes valeurs à concaténer, la fonction catq se rapproche de la fonction catx.

data catq;  
   x=catq('d',',','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=/;
   
   x=catq('ds',',','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
   
   x=catx(',','ABC ',2," EFG",' ');
   put x=/;
   
   x=catq('dt',',','ABC ',2," EFG",' '); 
   put x=;
run;

Pour enlever les leading et trailing blanks avec la fonction catq, on ajoutera la lettre s (strip).
Pour uniquement enlever les trailing blanks avec la fonction catq, on ajoutera la lettre t (trim).

 x=ABC ,2, EFG,
 x=ABC,2,EFG
 x=ABC,2,EFG
 x=ABC,2, EFG

Aller plus loin

La fonction dispose d’autres arguments pour travailler avec les literals (lettre n), pour afficher les valeurs en hexadecimal (lettre x), pour utiliser une tabulation horizontale comme séparateur (lettre h), etc.
Toutes les informations sont disponibles dans la documentation en ligne : http://support.sas.com/documentation/cdl/en/lefunctionsref/63354/HTML/default/viewer.htm

 

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mars 6, 2018

L’article est disponible sur http://www.programmeur-pro.com/sas-support/

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Lister fichiers et répertoires sous UNIX

novembre 2, 2013

La fonction call system permet dans le cas présent de stocker du code Unix pour rechercher des fichiers dans des répertoires données. Le résultat de la recherche est stocké dans un fichier .txt qui est lu dans une étape data.

1. Créer une macro variable pour stocker le chemin d’accès de la bibliothèque WORK

Le chemin d’accès à la bibliothèque WORK est extrait avec la fonction système PATHNA?E et est stocké dans la macro variable WORKDIR. Ce chemin d’accès sera celui où sera sauvegardé le fichier .txt de la recherche.

%let workdir=%sysfunc(pathname(work));

2. Utiliser call symput pour appeler la commande find d’UNIX 

La commande find est suivie de trois composants :

  • le chemin d’accès au(x) fichier(x) d’entrée. L’astérisk indique que tous les sous répertoire du répertoire PROJET sont consultés
  • le chemin d’accès au fichier final (ici resultat.txt) où sera stocké le résultat de la recherche. Dans l’exemple, le fichier est stocké de manière temporaire dans le répertoire utilisé par la bibliothèque WORK de SAS.
  • La page anglaise de Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Find explique que le code 2>/dev/null supprime des messages d'erreurs liés à des droits d'accès.

« If you’re doing this as a user other than root, you might want to ignore permission denied (and any other) errors. Since errors are printed to stderr, they can be suppressed by redirecting the output to /dev/null. »

Dans le second appel le double >> permet d’ajouter au fichier existant le résultat de la recherche au lieu de remplacer l’ancien.

data _null_;
   call system ("find c:/projet/*/demographie.sas7bdat > &workdir./resultat.txt 2>/dev/null
                      c:/project/*/laboratoire.sas7bdat >> &workdir./resultat.txt 2>/dev/null");
run;

L’étape data  sert à lire le fichier .txt et de la trocker dans un dataset (ici REF) via infile/input. Des options à l’instruction infile peuvent être ajoutées pour lire le fichier correctement.

data ref (keep=);

   infile "&workdir./resultat.txt" ;*lrecl=2000 truncover firstobs=1;

   input pathdsn $1-100;

run;
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Passer de CLASS CLAS à « CLASS » « CLAS » dans une macro variable

février 1, 2013

Mettre toutes les mots contenus dans une macro variable entre guillemets (quote en anglais) est un tâche plus fréquente qu’elle n’y paraît.
Une vois le code écrit, il est souvent plus rapide de faire du copier/coller et ensuite de modifier. Voici un exemple où DSN=CLASS CLAS sert à créer DSN_QUOTE= »CLASS » « CLAS ».

1. Exemple dans une macro

Dans l’exemple, la macro est PRINTDSN. Elle a pour tâche d’imprimer dans la log tous les datasets présents dans la bibliothèque SASHELP qui sont cités dans le paramètre de macro DSN, s’ils existent.

%macro printdsn (dsn=);

%let dsn      =upcase(&dsn.);
%let dsn_quote=%sysfunc(tranwrd(%nrstr(%")&dsn.%nrstr(%"),%str( ),%str(" ");

proc sql;
 create table ref as
 select memname
 from dictionary.tables
 where upcase(libname)='SASHELP' and
       upcase(memname) in (&dsn_quote.);
quit;

data _null_;
 set ref;
 call execute ('proc print data=' || memname || ';');
 call execute ('run;');
run;
%mend printdsn;
%printdsn(dsn=class clas);

Pour ma part j’ai pris l’habitude de mettre le contenu des macros paramètres en majuscule, et ce dès le début du programme, sauf besoin spécifique contraire. Ceci explique la ligne %let dsn=upcase(&dsn.);

De plus j’ai pris l’habitude de rajouter le suffixe _quote au nom de la macro variable. Dans notre exemple il y a la macro variable DSN mise en majuscule. Cette variable est ensuite mise entre guillemets.

La macro fonction %sysfunc() permet d’utiliser la fonction tranwrd dans une expression macro. La fonction tranwrd est composée de trois paramètres :

  1. le texte d’origine entre guillemets
  2. le partie de texte à remplacer dans cette chaîne de caractères
  3. le texte de remplacement

2. Le même exemple sans macro

L’exemple est présenté dans une macro. Pour tester le code, un simple %let et %put feront l’affaire. Le résultat s’affiche alors dans la log.

%let dsn=CLASS CLAS;
%let dsn_quote=%sysfunc(tranwrd(%nrstr(%")&dsn.%nrstr(%"),%str( ),%str(" ");
%put &dsn_quote.;
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SAS 9.2. : WARNING avec PROC SQL et l’option UNDO_POLICY=NONE

janvier 6, 2013

Depuis SAS 9.2, un nouveau WARNING apparaît dans la log quand le nom de la table SAS d’entrée est le même que le nom de la table SAS de sortie. Pour éviter ce message, l’option undo_policy=none est à ajouter dans l’instruction proc sql;. SAS support prévient néanmoins que l’usage du même nom en entrée et en sortie présente un risque et que l’option enlève l’avertissement mais pas le risque.

1. Le message dans la log

WARNING: CREATE TABLE statement recursively references the target table

 

2. Exemple

Ce code générerait le warning avec SAS 9.2 si l’option undo_policy=none n’était pas utilisée.

proc copy in=sashelp out=work;
   select class;
run;

proc sql undo_policy=none;
   create table class as 
   select name, age
   from class;
quit;

 

En savoir plus

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5 points pour rendre la maintenance d’un programme la plus inaperçu possible pour l’utilisateur

mars 4, 2012

La maintenance des programmes est toujours mieux acceptée si les utilisateurs sont informés au préalable et si la durée de l’intervention est limitée dans le temps. Voici cinq points qui rendront l’intervention plus douce.

  1. S’il est préférable de faire une maintenance de programme dans un environnement de développement, il est parfois plus rapide de faire certains changements directement en production après avoir fait une copie des fichiers d’origine, surtout les changements rapides. L’utilisateur est dans l’indisponibilité d’utiliser le programme durant cet intervalle de temps.
  2. Idéalement la maintenance sera planifiée. Les utilisateurs seront informés une semaine à l’avance par email de la date et durée d’indisponibilité. Ils pourront ainsi adapter leur travail en fonction.
  3. Le créneau horaire sera choisi de préférence en dehors des heures d’utilisation les plus fréquentes (le week-end, le matin, le soir).
  4. Un email informera du début de la maintenance.
  5. Un autre email confirmera la fin de la maintenance et donc la remise à disposition du service.
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Pharmaceutique : Good Clinical Practice

janvier 22, 2012

Chaque secteur d’activité a ses documents de référence. Dans le secteur pharmaceutique l’un d’entre eux est « International Conference  on Harmonization – Good Clinical Practice – ICH GCP ». Ce document est une excellente base pour comprendre le déroulement des essais cliniques et se familiariser avec un vocabulaire qui lui est propore comme « monitor », « investigator », « sponsor », « protocol », « serious adverse event », « double-blind/single-blind/open-label ». Une culture générale qui peut s’avérer utile aux programmeurs SAS.

Vous trouverez sur le net plusieurs ressources dont : http://ichgcp.net

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Protégé : SAS 9.2 Souligner ou barrer un texte dans une table en sortie ODS

juillet 14, 2011

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Protégé : Deux exemples d’usage de la syntaxe de l’ODS : PROC PRINT et PROC REPORT

juin 26, 2011

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Protégé : SAS 9.2 et PROC SORT : Quel est l’effet de l’option – sortseq=ascii (numeric_collation=on) ?

avril 10, 2011

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Protégé : Plusieurs formats pour une variable numériques – passer à une variable caractère avec la fonction PUTN

octobre 14, 2010

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Protégé : Répéter la valeur d’une variable sur chaque page avec ODS RTF

septembre 26, 2010

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Protégé : Avec ODS, comment ajouter des caractères spéciaux ≤ et ≥

septembre 19, 2010

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Protégé : Avez-vous pensé à lire votre log de manière automatique

septembre 12, 2010

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Des options pour se débarrasser de WARNING de SAS 9.2

août 18, 2010

Avec SAS 9.1.3 et SAS9.2 de nouveaux warning apparaissent. En voici deux que vous pouvez faire disparaître dans le cas où ils ne reflètent pas un problème dans votre programme.

  1. Avec PROC SQL, je crée une nouvelle table du même nom que la table source.
  2. Dans un data set je réduis la longueur d’une variable

1. Utiliser le même nom de data set en entré et en sortie avec PROC SQL

Pour illustrer le sujet, je vais d’abord créer un data set appelé ONE avec deux variables X et Y.

data one;
x=‘A’;
y=‘B’;
run;

Ensuite je vais créer avec PROC SQL un nouveau data set du même nom ONE qui ne contiendra que la variable X.

proc sql;
create table one as
select x
from one;
quit;

Le message dans la log ressemble à ceci:
WARNING: This CREATE TABLE statement recursively reference the target table. A consequence of this is a possible data integrity problem.

Pour ne plus avoir ce message dans la log, ajouter l’option UNDO_POLICY=NONE

proc sql undo_policy=none;
create table one as
select x
from one;
quit;

Ce cas existe depuis SAS 9.1.3.

2. Réduire la longueur d’une variable dans une étape data

Une solution pour changer la longueur d’une variable est de définir sa longueur dans une instruction LENGTH avant de lire les données avec un SET par exemple.

Depuis SAS 9.2, si la nouvelle longueur est plus petite que l’ancienne un WARNING apparaît dans la log. Ceci est une bonne chose car cela vous permet de repérer d’éventuelles coupures (truncations) de vos données.

Dans certains cas cependant, vous savez pertinemment que le nombre de caractères dans données est au plus X et que dès lors elles ne seront pas coupées en réduisant la longueur.

Vous pouvez vous épargner le warning en encadrant votre étape data des options globales VARLENCHK=nowarn et VALENCHK=warm.

Je vous conseille d’appliquer cette option localement afin de pouvoir continuer à repérer d’autres coupures potentielles non prévues.

data two;
length x $32;
x=‘A’;
run;

data two_a;
length x $1;
set two;
run;

WARNING : Multiple lengths were specified for the variable x by input data set(s). This may cause truncation of data.

options varlenchk=nowarn;
data two_b
length x $1;
set two;
run;
options varlenchk=warn;

Notez cependant, qu’avec SAS 9.1.3 ou SAS 9.2, un warning apparaît dès lors que la variable est donnée dans une instruction BY. L’option VARLENCHK de SAS 9.2 ne vous enlèvera pas le warning. Je vous conseille donc de changer votre longueur au préalable si vous ne voulez pas ce WARNING.

data two_b;
length x $1;
set two;
by x;
run;

WARNING: Multiple lengths were specified for the BY variable x by input data sets and LENGTH, FORMAT, INFORMAT statements. This may cause unexpected results.

Lectures complémentaires :

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Protégé : Une option SAS 9.2 pour ODS PDF : répéter une valeur groupée sur plusieurs pages

août 3, 2010

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Structurer ses travaux à l’aide de pages HTML

juillet 25, 2010

Joël Rivest a eu l’occasion de présenter quelques usages du HTML pour structurer ses travaux SAS lors d’une rencontre sur la ville de Québec en juin dernier. Voici le support utilisé pour cette intervention. Vous y découvrirez comme sujet : 2 modes d’utilisation du HTML, quelques avantages que présentent le HTML, quelques pré-requis, quelques macros pour faciliter l’écriture des résultats dans des pages web.

Vous souhaitez  télécharger la présentation grand format ici : Joel_Rivest_Structurer_travaux_SAS_via_ pages_HTML.ppt

Quelques abréviations:

OLE : Object Linking and Embedding (définition de Wikipédia)

Cie : Compagnie

Joël Rivest a eu l’occasion de présenter quelques usages du HTML pour structurer ses travaux SAS lors d’une rencontre sur la ville de Québec en juin dernier. Voici le support utilisé pour cette intervention. Vous y découvrirez comme sujet : 2 modes d’utilisation du HTML, quelques avantages que présentent le HTML, quelques pré-requis, quelques macros pour faciliter l’écriture des résultats dans des pages web.
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Combien de nouveaux cas par an ? Une mesure d’incidence

juillet 25, 2010

L’incidence est une mesure statistique utilisée couramment dans les études cliniques, en cancérologie notamment. Vous trouverez sur Wikipédia une explication en termes simples de ce concept. Voici quelques extraits: définition et exemple de base.

1. Le principe de base

Wikipedia, définition : « En général, l’incidence (ou le taux d’incidence) est le nombre de nouveaux cas d’une pathologie observés pendant une période et pour une population déterminée. »

Taux d’incidence=nombre de nouveaux cas/durée totale du suivi

Wikipedia, exemple : « Par exemple, si 100 personnes à risque ont été étudiées pendant 2 ans, la durée totale de suivi est de 200 personnes-années.Dans ce même exemple, s’il a eu 5 nouveaux cas de la maladie à l’étude, le taux d’incidence sera de 5 cas par 200 personnes-années, ou plus simplement de 2,5 cas par 100 personnes-années (ou encore 0,025 cas par personne-année). »

Taux d’incidence=5/200

2. Le vrai taux d’incidence

Wikipedia, définition : « En général, on s’intéresse à la première occurrence d’une maladie donnée chez une personne (au premier cancer et pas à ses récidives chez un même patient par exemple). »

Wikipedia, l’exemple: « Dans l’exemple précédent, les cinq cas diagnostiqués pendant l’étude ne sont plus à risque à partir du moment où ils sont diagnostiqués. S’ils ont contracté la maladie après six mois d’observation, ils n’ont été à risque que pendant six mois. La durée totale de suivi pour cette étude est donc

  • de 190 personnes-années pour les personnes qui n’ont pas la maladie (95 personnes fois 2 ans) et
  • de 2,5 personnes-années pour les cas (6 mois fois 5 cas).

Le vrai taux d’incidence est donc de 5 cas sur 192,5 personnes-années (ou 2,6 cas par 100 personnes-années). »

Taux d’incidence=5/192.5

L’éventail d’application de cette mesure s’étant au delà de la pharmaceutique. Nombre de personnes ayant retrouvé un emploi, nombre de clients ayant effectué un nouvel achat dans l’année après être passé au statuts de client perdu, etc.

Complétez cet article

N’hésitez pas à ajouter des précisions tant sur le calcul avec SAS, que sur la gestion des valeurs manquantes, identifier une différence significative entre deux taux d’incidence ou la représentation graphique de ce type de données.

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Macro : mini-programmes/routines pour tester la validité d’un nom de variable

juin 27, 2010

Après avoir appris les bases de la programmation, vous allez vous rendre compte que certaines tâches se répètent de programme à programme. Une partie d’entre eux peut se résumer à quelques lignes. Il est alors tentant d’écrire un programme de manière « officielle » et de le valider au lieux d’avoir à écrire le code à chaque fois.

Voici un petit exemple. Il s’agit du descriptif d’une macro qui va indiquer si le nom de variable donné est conforme aux règles requises par SAS. Ici vous avez la spécification et les tests de validation.

1. Spécification : Quelles sont les règles ?

Le nom d’une variable ne peut pas avoir plus de 32 caractères.

Le premier caractère est une des 26 lettres de l’alphabet ou un chiffre.

Les autres caractères  peuvent être des lettres de l’alphabet, un chiffre ou un tiret bas (underscore).

2. Spécification : Quelques contraintes ?

Vous développez une macro disons VARNAME_VALID ayant un paramètre VARNAME où vous pourrez entrer le nom d’une variable à tester. Si ce nom entre dans les critères de définition de SAS, alors une macro variable varname_ok=1 sinon la macro variable varname_ok=o.

3. Test Cases : Quand tout va bien: un nom de variable avec une seule lettre, deux lettre, commençant par un tiret bas, écrit en majuscule, avec un chiffre au milieu, avec un chiffre à la fin

Qu’est ce qui est testé : un nom de variable suivant les règles requises par SAS.

Quel est le code à soumettre :

%varname_valid(varname=a);
%varname_valid(varname=ab);
%varname_valid(varname=_ab);
%varname_valid(varname=AB);
%varname_valid(varname=ab1a);
%varname_valid(varname=ab1);

Quel est le résultat attendu :

La macro variable garde la valeur un

&varname_ok.=1

Un message dans la log est affiché :

NOTE: (VARNAME_VALID) Nom de variable correct.
NOTE: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle :  ab

D’autres programmes peuvent être appelés après.

4. Test Cases : Violation des pré-requis de la macro

4.1 Violation pré-requis : le paramètre est manquant

Qu’est ce qui est testé : Un nom de variable doit être donné dans le paramètre de la macro

Quel est le code à soumettre : %varname_valid(varname=);

Quel est le résultat attendu :

La macro variable VARNAME_OK prend la valeur zéro

&varname_ok.=0

Un message dans la log est affiché :

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle:
EARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue: un nom de variable.

D’autres programmes peuvent être appelés après.

4.2 Violation pré-requis : plus d’un nom de variable est entré

Qu’est ce qui est testé : Plus d’une variable est entrée dans le paramètre de macro

Quel est le code à soumettre : %varname_valid(varname= ab cd );

Quel est le résultat attendu :

La macro variable prend la valeur zéro

&varname_ok.=0

Un message dans la log est affiché :

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle : ab cd
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue : un seul nom de variable.

D’autres programmes peuvent être appelés après.

5. Test Cases : Les règles définies par SAS pour nommer une variable

5.1  Un nom de variable : Au maximum 32 caractères

Qu’est ce qui est testé : un variable avec plus de 32 caractères

Quel est le code à soumettre : %varname_valid(varname=abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890);

Quel est le résultat attendu :

La macro variable prend la valeur z éro

&varname_ok.=0

Un message dans la log est affiché :

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle : abcdefghijklmnopqrstuvwxyz1234567890
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue : 32 caractères au maximum.

D’autres programmes peuvent être appelés après.

5.2 Un nom de variable : commence par une lettre de l’alphabet (a-z) ou un tiret bas

Qu’est ce qui est testés : Un premier caractère différent d’une lettre de l’alphabet ou d’un tiret bas

Quel est le code à soumettre : %varname_valid(varname=é);

Quel est le résultat attendu :

La macro variable prend la valeur zéro

&varname_ok.=0

Un message dans la log est affiché :

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle : é
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue : La première lettre est une des 26 lettres ou un tiret bas.

D’autres programmes peuvent être appelés après.

5.3 Un nom de variable : Après le premier caractère on peut avoir des lettres (a-z), des chiffres (0-9) et des tirets bas.

Qu’est ce qui est testé : un caractère différent d’une lettre de l’alphabet, d’un chiffre ou d’un tiret bas parmi les autres caractères de l’alphabet

Quel est le code à soumettre : %varname_valid(varname=1é);

Quel est le résultat attendu :

La macro variable prend la valeur zéro

&varname_ok.=0

Un message dans la log est affiché :

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle : 1é
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue : La première lettre est une des 26 lettres ou un tiret bas.

WARNING: (VARNAME_VALID) Nom de variable incorrect.
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur actuelle : 1é
WARNING: (VARNAME_VALID) Valeur attendue : A partir du deuxième caractères, seuls des lettres,
WARNING: (VARNAME_VALID) des chiffres et un tiret bas sont autorisés.

Lecture complémentaire