Combien de nouveaux cas par an ? Une mesure d’incidence

L’incidence est une mesure statistique utilisée couramment dans les études cliniques, en cancérologie notamment. Vous trouverez sur Wikipédia une explication en termes simples de ce concept. Voici quelques extraits: définition et exemple de base.

1. Le principe de base

Wikipedia, définition : « En général, l’incidence (ou le taux d’incidence) est le nombre de nouveaux cas d’une pathologie observés pendant une période et pour une population déterminée. »

Taux d’incidence=nombre de nouveaux cas/durée totale du suivi

Wikipedia, exemple : « Par exemple, si 100 personnes à risque ont été étudiées pendant 2 ans, la durée totale de suivi est de 200 personnes-années.Dans ce même exemple, s’il a eu 5 nouveaux cas de la maladie à l’étude, le taux d’incidence sera de 5 cas par 200 personnes-années, ou plus simplement de 2,5 cas par 100 personnes-années (ou encore 0,025 cas par personne-année). »

Taux d’incidence=5/200

2. Le vrai taux d’incidence

Wikipedia, définition : « En général, on s’intéresse à la première occurrence d’une maladie donnée chez une personne (au premier cancer et pas à ses récidives chez un même patient par exemple). »

Wikipedia, l’exemple: « Dans l’exemple précédent, les cinq cas diagnostiqués pendant l’étude ne sont plus à risque à partir du moment où ils sont diagnostiqués. S’ils ont contracté la maladie après six mois d’observation, ils n’ont été à risque que pendant six mois. La durée totale de suivi pour cette étude est donc

• de 190 personnes-années pour les personnes qui n’ont pas la maladie (95 personnes fois 2 ans) et
• de 2,5 personnes-années pour les cas (6 mois fois 5 cas).

Le vrai taux d’incidence est donc de 5 cas sur 192,5 personnes-années (ou 2,6 cas par 100 personnes-années). »

Taux d’incidence=5/192.5

L’éventail d’application de cette mesure s’étant au delà de la pharmaceutique. Nombre de personnes ayant retrouvé un emploi, nombre de clients ayant effectué un nouvel achat dans l’année après être passé au statuts de client perdu, etc.

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N’hésitez pas à ajouter des précisions tant sur le calcul avec SAS, que sur la gestion des valeurs manquantes, identifier une différence significative entre deux taux d’incidence ou la représentation graphique de ce type de données.

Structure un programme, un exemple en 5 étapes

Tel un menu, les commentaires donnent une vue d’ensemble de votre programme SAS. Par la suite, vous devez expliquer les étapes de votre développement. Mais comment agencer votre code ? Voici un exemple extrait de la pharmaceutique. Il s’agit de créer un tableau statistique extrait de données sur les essais cliniques.

1. Des valeurs rapidement accessibles pour la maintenance du programme : dans cette première section figurent les informations utilisables à tout moment dans le programme. Voici quelques exemples de mises à jour :

• changement de répertoire de vos données ou programmes ;
• changement des labels apposés sur vos données codifiées ;
• pour connaître les valeurs prises par vos variables macros.

Suivre cette convention aidera les autres programmeurs à se familiariser avec votre travail.

2. Regrouper les informations : l’information à publier est, le plus souvent, à recueillir parmi plusieurs jeux de données. Il vous faudra donc les combiner. Par exemple, les données démographiques sur les patients seront à ajouter aux résultats de laboratoire. Si seule une sous population vous intéresse, il faudra supprimer les champs inutiles.

3. Extraire les statistiques : cette section peut inclure le calcul de simples fréquences et pourcentages. Elle peut aussi faire l’objet du calcul de tests statistiques.

4. Mettre en forme les résultats : chaque tableau devra suivre une mise en page précise. Les titres devront être adaptés à chaque tableau et ces dérivés. Les données codées se verront remplacées par du texte via des formats. L’ensemble pourra être lu par des éditeurs de texte ou sur des fichiers Internet.

5. Nettoyage : enfin vous pouvez faire du nettoyage en supprimant toutes les données temporaires, qu’il s’agisse de jeux de données, de catalogues, de fichiers .log ou de noms reconnus comme chemin d’accès à une bibliothèque de données. Ce travail vous sera d’autant plus bénéfique que vous exécuterez plusieurs programmes à la suite des uns des autres. Cela vous évitera de mauvaises surprises dues à l’utilisation involontaire de données en mémoire.

Tout au long de ces cinq étapes, vous ponctuerez votre code de commentaires. Un programme s’allonge très rapidement même s’il est bien écrit. Pour un simple tableau statistique en essai clinique il n’est pas rare de voir l’équivalent d’une dizaine d’écrans. Pour naviguer rapidement d’une section à l’autre, rien de tel que de numéroter vos commentaires. Un programme SAS est composé principalement de deux groupes de texte (data step et procedure). Commentez chacun bloque de texte. Par exemple, “extraire pour chaque effet secondaire, le nombre de patient l’ayant vécu”. Si une étape est inhabituelle, fournissez les raisons.