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Supprimer un data set SAS en 6 points (PROC DATASETS)

octobre 6, 2008

Supprimer un data set SAS est une des fonctionnalités de la procédure PROC DATASETS. Voici donc quelques détails sur la syntaxe.

Les options de l’instruction PROC DATASETS donnent la possibilité de supprimer, dans une bibliothèque donnée, tous les fichiers sans distinction de nom (KILL). Certains options réduisent la sélection à certains types de fichiers (MEMTYPE). L’affichage par défaut dans les fenêtres OUTPUT et LOG est contrôlable avec d’autres options (NOLIST et NOWARN). Pour ajouter un peu de flexibilité, il est possible de nommer les fichiers à supprimer ou à garder dans des instructions complémentaires (DELETE et SAVE).

1. Un option pour supprimer tous les fichiers quelque soit leur nom, KILL : Pour supprimer tous les fichiers SAS contenu dans une bibliothèque temporaire, il suffit d’ajouter l’option KILL à l’instruction PROC DATASETS.

2. Par défaut, supprimer tous les types de fichiers MEMTYPE=ALL : En effet, l’option MEMTYPE est par défaut égale à tout (MEMTYE=ALL). Cela comprend 3 types de fichiers :

  • data sets (MEMTYPE=DATA),
  • vues (MEMTYPE=VIEW) ou
  • catalogues (MEMTYPE=CATALOG),

Cela veut dire que les formats, qui sont toujours sauvegardés dans un CATALOG, sont également supprimés.

3. Par défaut, supprimer les fichiers de la bibliothèque temporaire, LIB=WORK : De plus, par défaut, la bibliothèque est temporaire (LIB=WORK) est concernée.

Un premier exemples : Les deux procédures suivantes donnent le même résultat.

proc datasets kill;
quit;

proc datasets lib=work
memtype=all
kill;
quit;

4. Supprimer l’affichage dans la fenêtre OUTPUT avec l’option NOLIST : Pour éviter un affichage dans la fenêtre OUTPUT, vous pouvez ajouter l’option NOLIST ou encadrer la procédure entre deux instructions ODS :

  • ODS LISTING CLOSE : stopper la redirection par défaut vers la fenêtre OUTPUT
  • ODS LISTING : réactiver la redirection vers la fenêtre OUTPUT

5. Désigner les fichiers à garder ou supprimer par leur nom

Deux instructions, soit DELETE, soit SAVE permettent de se concentrer sur quelques fichiers en particulier à supprimer ou non quand l’option KILL n’est pas présente.

Si le type d’un fichier est différent de la majorité des fichiers listés dans l’instruction DELETE (ou SAVE), le type est à définir entre parenthèse avec le mot-clé MEMTYPE= après son nom.

Un second exemple en deux parties

Dans l’exemple qui suit, deux formats  (GENDER et GRP) créés dans la bibliothèque SASREF et tous les data sets de la bibliothèque SASHELP incluant le data set CLASS y sont également copiés.

libname sasref ‘C:/sasref/blog’;

proc format lib=sasref;
value gender 1=‘Male’
2=‘Female’;
value grp    1=‘Per Protocol (PP)’
2=‘Intent to Treat (ITT)’
3=‘Safety’;
run;

proc copy in=sashelp out=sasref memtype=data;
run;

Par défaut, tous les data sets listés dans l’instruction DELETE sont supprimés. A cela s’ajoute le catalogue contenant le format GRP. Il restera donc le format GENDER et tous les data sets sauf CLASS dans la bibliothèque SASREF.

proc datasets lib=sasref
memtype=DATA;
delete class grp (memtype=catalog);
run;

6. Supprimer un fichier qui n’existe pas

Dans certains cas, le nom des fichiers créés dans un programme varie. A la phase de suppression, le fichier manquant sera assortie d’une note dans la LOG:

NOTE: The file SASREF.GENDRE (MEMTYPE=CATALOG) was not found but appear on a DELETE statement.

Deux options s’offrent à vous pour l’éviter :

  • Ajouter l’option NOWARN : dans l’instruction PROC DATASETS, l’option empêchera l’affichage de la note sur les fichiers manquants.
  • Exécuter l’instruction conditionnellement : identifier les fichiers à supprimer au préalable via les dictionnaires et les stocker dans une macro variable.

NOTE : Sachez que PROC COPY a son équivalent dans la procédure PROC DATASETS. Cela dépasse cependant l’objet de cet article.

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Je garde ou je jette? les variables

août 25, 2008

Pour garder ou supprimer sous SAS des variables, il y a les mots-clés KEEP (garder) et DROP (enlever). Sélectionner les variables nécessaires par la suite et seulement celles-ci est très important. Cela fait partie des outils pour améliorer la performance d’un programme tant en terme de temps d’exécution que le volume demandé pour stocker les data sets. Voici plus en détails, et avec des exemples, l’utilisation de ce vocabulaire qui s’applique au data step, aux procédures et à la syntaxe de l’ODS OUTPUT.

1. L’option dans un data step

Les mots KEEP et DROP servent principalement en tant qu’option appliquée à un data set donné. Elles sont alors listées juste après le nom du data set entre parenthèses et sont suivies du signe égal :

  • Keep= Data Set Option : nom_du_dataset (keep=nom_var1 nom_var2 etc)
  • Drop= Data Set Option : nom_du_dataset (drop=nom_var1 nom_var2 etc)

Exemple 1 : une instruction SET

data class (drop=weight: height:);
   set sashelp.class (keep=name weight height);
   weight_kg = weight*0.45359237;
   height_m  = height*0.0254;
   bmi       = weight_kg/height_m**2;
run;

Dans le cas présent, les variables NAME (nom), WEIGHT (poids) et HEIGHT (taille) sont lues dans le fichier d’origine SASHELP.CLASS et gardées. De nouvelles variables sont calculées pour avoir un poids en kilogramme (WIEGHT_KG) et une taille en mètres (HEIGHT_M). A partir du poids et de la taille, l’indicateur de masse corporelle (BMI) est calculé. Les variables, dont le nom commence par WEIGHT et HEIGHT, ne sont plus nécessaires par la suite. Elles sont donc supprimée dans le data set final appelé CLASS.

Soit le mot KEEP, soit le mot DROP est donné en option mais pas les deux afin d’éviter les confusions. Le choix entre KEEP et DROP dépend souvent du nombre de variables à lister par la suite. C’est donc un choix purement pratique.

Note, Indice de masse corporelle : L’indice de masse corporel (Body Mass Index, BMI) est égal au poids divisé par la taille au carré (poids/taille2). Le site de l’Organisation Mondiale de la Santé (World Health Organisation, WHO) donne des précisions sur le sujet.

Note, Conversion des unités de mesures (source Wikipedia) : je suppose que la taille donnée dans le fichier SASHELP.CLASS est exprimée en pouces (inches) et que le poids est exprimé en livres (pounds). Sachant qu’un pouce est égal à 2,54 cm et qu’une livre est égale à 0,45359237 kg, les tailles et poids du premier exemple ont pu être convertis en mètres et kilos.

Exemple 2 : une instruction MERGE

data age_ae;
   merge ae      (in=ref keep=name ae_id ae_sev)
         patient (keep=name age);
   by name;
   if ref;
run;

Dans ce second exemple, les patients ayant eu un effet secondaire (adverse event, AE) sont enregistrés dans le data set AE. Chaque effet secondaire est identifié de manière unique par les variables NAME et AE_ID. La sévérité de l’effet secondaire nous intéresse dans le data set AE.

A cette information, est ajouté l’âge du patient disponible dans la variable AGE du data set PATIENT.

La variable commune aux deux data sets est NAME. Il faut donc qu’elle reste dans les deux data sets. Seuls les patients ayant eu un effet secondaire sont sélectionnés grâce à l’option IN.

Pour tester l’exemple, vous trouverez en fin d’article un code créant les fichiers PATIENT et AE.

NOTE : Une variable utilisée par une autre option du data set comme RENAME ou WHERE ne pourra pas être supprimée au même moment.

2. Quelques exemples de procédures

Dans une procédure, elles suivent le nom du data set d’entrée et/ou du data set de sortie. Aucun autre mot ne doit être inséré entre le nom du data set et les options entre parenthèses.

  • proc sort data=… () out=…();
  • proc print data=… () width=min;
  • proc transpose data=…() out=…() prefix=visit;
  • proc freq data=…();
  • proc report data=…() split=’#’;
  • proc tabulate data=…()
  • proc gplot data=…()
  • proc boxplot data=…()
  • proc univariate data=…()
  • proc ttest data=…()
  • etc.

La procédure SQL liste les variables à garder après le mot SELECT. Il n’y a pas à ce stade d’option pour supprimer les variables. Par contre, on peut affiner la sélection après que le data set final soit créé. Bien sûr, le temps de lecture est augmenté puisque toutes les variables sont lues pour créer le data set et non un sous-ensemble.

proc sql;
   create table test (drop=ae_sdt ae_edt) as
      select a.*, age
      from ae a
      left join
           patient b
      on a.name=b.name;
quit;

NOTE : L’option WHERE est très pratique lorsqu’on en peut faire une sélection que sur le résultat de la fusion.

proc sql;
   create table test (where=(ae_sev=1 or age=12)) as
      select a.*, age
      from (select name, ae_id, ae_sev
            from ae) a
      left join
           (select name, age
            from patient) b
      on a.name=b.name;
quit;

3. L’option dans l’ODS OUTPUT

Les sorties générées par une procédure sont redirigeables vers un data set via l’instruction ODS OUTPUT. Le nom de la sortie est alors suivi du signe égal et du nom du data set de destination. Après ce nom les options sont ajoutables.

ods exclude all;
ods output onewayfreqs=exemple_ods (keep=age frequency percent);
proc freq data=sashelp.class;
   table age;
run;
ods output clear;
ods exclude none;

Deux articles sur l’ODS OUTPUT sont déjà à votre disposition

4. Les instructions KEEP et DROP dans un data step

En plus des options KEEP et DROP, il existe les instructions KEEP (KEEP Statement) et DROP (Drop Statement) pouvant être exécutées dans un data step. L’important ici est de se souvenir que l’instruction s’applique à la fin du data step, une fois que le data set final est créé. Ainsi il n’est pas possible de supprimer une variable en milieu de programme pour ensuite créer une autre variable du même nom.

data class (drop=i);
   do i=0 to 3;
      output;
   end;
   do i=10 to 12;
      output;
   end;
run;

data class;
   do i=0 to 3;
      output;
   end;
   drop i;
   do i=10 to 12;
      output;
   end;
run;

Les deux exemples ci-dessus font le même travail. La variable I n’apparaîtra pas dans le data set final car elle est supprimée en fin de programme.

Lectures complémentaires : Outre les options KEEP et DROP, le programmeur utilisera souvent les options RENAME et WHERE et de temps en temps les options FIRSTOBS et OBS. Pour une liste complète des options, consultez la documentation en ligne : SAS Data Set Option.

Après savoir comment supprimer les variables et donc les colonnes d’un data set SAS, vous serez peut-être intéressé de savoir comment supprimer ou garder certaines lignes d’un data set avec les mots-clés DELETE (DELETE Statement) et OUTPUT (OUTPUT Statement).

Annexe : Créer les data sets PATIENT et AE pour tester l’exemple avec MERGE.

data patient;
   set sashelp.class;
run;

data ae;
   set sashelp.class (keep=name);
   if name=‘Thomas’ then
      do;
         ae_id  = 1;
         ae_sdt = ’21MAR2007’d;
         ae_edt = ’28APR2007’d;
         ae_sev = 3;
         output;
         ae_id  = 2;
         ae_sdt = ’03JUN2007’d;
         ae_edt = ’19JUN2007’d;
         ae_sev = 1;
         output;
      end;
run;

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Supprimer des formats

août 7, 2008

Après avoir présenté dans l’article « 2 méthodes pour de nouveaux formats » comment créer un format de manières temporaire et permanente, nous allons voir comment les supprimer.

Rappel : les formats SAS sont sauvegardés dans un fichier nommé catalogue pour les formats (format catalog). Il peut exister plusieurs fichiers ayant des noms différents selon l’information donnée lors de la création dans l’option LIB= de PROC FORMAT. Si aucun nom en particulier n’a été donné lors de la création, alors le catalogue pour les formats s’appelle FORMATS et est sauvegardé temporairement dans la bibliothèque WORK.

1. Créer deux formats pour l’exemple

Dans un premier temps, pour illustrer le code, trois formats sont créés dans le catalogue nommé FORMATS de la bibliothèque WORK. Ces formats s’appellent NY, SEX et GENDER. Les deux premiers sont numériques, le troisième s’applique à des variables caractères.

Dans cet exemple les éléments mis en commentaire sont les valeurs implicites, celles que SAS utilise par défaut.

proc format; *lib=work.formats;
   value ny        1 = ‘NO’
                   2 = ‘YES’;
   value sex       1 = ‘Male’
                   2 = ‘Female’;
   value $ gender ‘M’ = ‘Male’
                  ‘F’ = ‘Female’;
run;

2. Supprimer un à un les formats du catalog

Avec la procédure PROC CATALOG, les formats NY et GENDER sont supprimés du catalogue FORMATS. Il restera le format SEX dans le catalogue. Il est impératif ici de nommer le nom du catalogue (FORMATS) et la bibliothèque où il est sauvegardé avec l’option CATALOG=.

Dans l’instruction DELETE figurent le nom des formats à supprimer. Le type d’entrée (entry type ou ET) est à préciser.

  • Dans le premier cas, les formats NY et GENDER sont de type différent. Chacun d’eux est suivi du type de l’entrée entre parenthèses. L’un est numérique (ET=FORMAT) et l’autre est caractère (ET=FORMATC).
  • Si tous les formats listés sont du même type, il est possible d’utiliser l’option ET= après une barre inclinée. Les formats AGE et SEX sont tous les deux numériques. L’option ET=FORMAT suffit.

proc catalog catalog=work.formats;
   delete ny (et=format) gender (et=formatc);
   *delete age sex / et=format;
run;

3. Supprimer le catalogue en entier avec tous ces formats

La procédure PROC DATASETS permet de supprimer un catalogue contenant des formats. Pour se faire, il faut d’abord préciser le type de fichier avec l’option MEMTYPE, la valeur par défaut étant DATA. Par défaut SAS recherchera le catalogue dans la bibliothèque WORK à moins de préciser une autre bibliothèque. Le nom du fichier catalogue contenant les formats est donné dans l’instruction DELETE

proc datasets memtype=catalog;*lib=work;
   delete formats;
run;

Annexe : cet exemple est le même que précédemment à une exception près.

  • D’une part, le format catalogue est maintenant permanent puisqu’il est sauvegardé dans la bibliothèque SASREF et non WORK.
  • D’autre part, il est sauvegardé avec un nom choisi par le programmeur (VERO) et non FORMATS.

libname sasref ‘C:/sasref’;

proc format lib=sasref.vero;
   value ny        1 = ‘NO’
                   2 = ‘YES’;
   value sex       1 = ‘Male’
                   2 = ‘Female’;
   value $ gender ‘M’ = ‘Male’
                  ‘F’ = ‘Female’;
run;

proc catalog catalog=sasref.vero;
   delete ny (et=format);
run;

proc datasets lib=sasref memtype=catalog;
   delete vero;
run;

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Des marges personnalisées pour vos rapports RTF

juin 30, 2008

Les documents lus par Word peuvent être sauvegardés au format RTF. SAS crée ce type de document en encadrant les tableaux et graphiques de la syntaxe ODS RTF (Output Delivery System). Par défaut, les marges sont de 0,63 cm (soit 0.25 inches) pour chacun des quatre côtés. Pour les changer, il faut procéder en 3 étapes : définir un template, changer les valeurs des marges et appeler le template.

1. Le coin des curieux

Un template est en programmation SAS ce qu’un patron est en couture. Il permet de définir l’apparence générale du travail final. Un template est défini en SAS avec la procédure PROC TEMPLATE. Pour distinguer les patrons pour les pantalons de ceux pour les chemisiers, des noms sont donnés à ces patrons. En SAS, ces noms sont appelés de STYLES.

Avec l’instruction LIST STYLES, vous affichez la liste des styles actuellement disponibles dans la fenêtre OUTPUT. Vous verrez notamment STYLES.RTF.

proc template;
   list styles;
run;

Pour voir le contenu de ce style dans la fenêtre LOG, il faut citer son nom dans l’instruction SOURCE.

proc template;
   source styles.rtf;
run;

Vous pourrez notamment repérer dans la LOG la partie sur les marges :

replace Body from Document
   « Controls the Body file. » /
   bottommargin = 0.25in
   topmargin = 0.25in
   rightmargin = 0.25in
   leftmargin = 0.25in;

2. Les trois étapes de base

2.1 Définir un template où les marges ne sont pas définies

Dans cet exemple, le nouveau template s’appelle STYLES.SASREF_RTF. Il est défini à partir du style STYLES.RTF. Les marges sont définies dans BODY FROM DOCUMENT. Une valeur non définie est assignée aux marges grâce au mot _UNDEF_ (undefined). Pour terminer la définition du template, une instruction END est ajoutée.

proc template;
   define style styles.sasref_rtf;
      parent = styles.rtf;
      replace body from document /
          bottommargin = _undef_
          topmargin = _undef_
          rightmargin = _undef_
          leftmargin = _undef_;
   end;
run;

L’ODS LISTING permet de désactiver la sortie vers la fenêtre OUTPUT dans un premier temps puis de la réactiver. Le mot-clé OUTPUT étant déjà pris au moment de la création de l’instruction ODS LISTING, SAS a choisi le mot-clé LISTING pour désigner la fenêtre OUTPUT.

2.2 Changer les mesures avec l’instruction OPTIONS

A présent, il est possible de modifier les marges avec l’instruction OPTIONS.

options bottommargin = 1.5 cm
        topmargin    = 1.5 cm
        rightmargin  = 2 cm
        leftmargin   = 2.5 cm;

2.3 Appeler le template nouvellement créé

Une option STYLE= est ajoutée à l’instruction ODS RTF. Le nom du template nouvellement créé y est assigné.

ods listing close;
ods rtf file  = ‘C:/sasref/margin_eg.rtf’
        style = styles.sasref_rtf;
   proc print data=sashelp.class;
   run;
ods rtf close;
ods listing;

3. Etape de nettoyage

Pour terminer, si le template n’est pas amené à être réutilisé, l’instruction DELETE permettra de le supprimer.

proc template;
   delete styles.sasref_rtf;
run;

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Et par magie mon jeu de données a disparu (LIBNAME)

mars 6, 2008

Etagères

Une des premières choses à comprendre en SAS est la notion de temporaire et permanent qui s’appliquent aux fichiers. Pour cela, il faut introduire la notion de bibliothèque (library). Ici, je vous propose plus particulièrement de voir les jeux de données SAS, communément appelés data sets.

Un data set c’est quoi ? Un data set SAS est un fichier SAS contenant un tableau. Chaque colonne a un nom et fait référence à une variable, chaque ligne correspond aux observations. Ce type de fichier est créé par SAS via un data set pour une procédure SQL.

Un nom de data set sans extension dans un programme SAS : un jeu de données a un nom pouvant suivant quelques règles de notation :

  • longueur de 32 caractères,
  • nom commençant par une lettre ou un trait bas,
  • caractères suivant pouvant aussi être des chiffres

Une extension (ex. : .sas7bdat) n’est visible que dans une arborescence comme Windows Explorer. Pour le nommer dans un programme, le nom sans l’extension est utilisé. Mais comment SAS sait-il où ce fichier est sauvegarder ?

1. Sauvegarde temporaire 

Un répertoire vidé automatiquement : par défaut, SAS assumera que le data set est sauvegardé dans un répertoire défini lors de l’installation du logiciel. Ce répertoire est vidé à chaque fermeture du logiciel. Dans le cas d’un travail en mode batch (par opposition au mode interactif), ce répertoire est vidé à la fin de chaque soumission de programme.

Pour les curieux : si vous êtes curieux de savoir l’emplacement de votre répertoire temporaire, utilisez la procédure option. La réponse est située dans la fenêtre LOG de SAS. A priori cette information ne vous servira pas pour votre travail de programmation sauf cas exceptionnel (après plusieurs années de SAS, je n’en ai toujours pas eu besoin).

proc options option=work;
run;

WORK ? C’est le petit nom pour parler de ce répertoire au contenu temporaire : l’accès à ce répertoire a un petit nom ! WORK. Le mot WORK est optionnel : ainsi si on veut écrire dans un programme le nom d’un data set dans son intégralité, il suffira d’ajouter WORK avant le nom du jeu de donné et d’utiliser un point comme séparateur. Comme WORK est la valeur par défaut, un data set nommé DEMO et sauvegardé sous WORK sera référencé indifféremment DEMO ou WORK.DEMO. Lors de la fermeture du logiciel SAS, le fichier DEMO sera supprimé. C’est pour cela que l’on parle de fichier temporaire. Du coup, comment créer un data set qui puisse survivre à une session SAS ?

2. Des data sets qui survivent

Une ‘library’ fait référence à un espace de stockage : le répertoire temporaire, WORK, fait partie de la catégorie des bibliothèques. Et en anglais bibliothèque se traduit… ? library. Pour faire référence à un autre répertoire, qui lui ne sera pas vidé automatique par SAS, il faut de définir dans une instruction LIBNAME (LIB comme notre LIBRARY de tout à l’heure et NAME, donc nom de bibliothèque). Une convention similaire au nom de data set à part la longueur. Comme pour WORK, il faut donner un petit nom au chemin d’accès à ce répertoire. On parle de LIBREF.

  • 8 caractères sont autorisés au maximum.
  • Comme un nom de data set, il commencera par une lettre ou un trait bas. 
  • Pour les autres caractères les chiffres sont aussi valides.

Trois composants principaux pour l’instruction LIBNAME : l’instruction LIBNAME est composée du mot-clé LIBNAME, du petit nom et du chemin d’accès entre guillemets.


libname origin ‘C:\sasref\origine’;
libname propre ‘C:\sasref\propre’;

Désactiver une bibliothèque : par défaut, la bibliothèque sera valide jusqu’à la fin de la session en mode interactif. Pour désactiver la bibliothèque plus tôt, il suffit de la nommer sans préciser le chemin d’accès et en ajoutant clear. Si on veut les désassigner toutes, le nom de la bibliothèque sera remplacée par le mot-clé _all_ (SAS Online Doc: The Libname Statement Syntax for Relational Databases).


libname origin clear;
libname propre clear;
libname _all_ clear;

Consulter la vue SASHELP.VSLIB pour connaître les bibliothèques actives : les vues sont des fichiers contenant un code. Lors de la lecture de ce fichier, le code est soumis. Cela permet de retrouver en temps réel l’information, la dernière. On trouve notamment la vue VSLIB sauvegardés dans le répertoire permanent de SASHELP. Grâce à cette vue vous découvrirez également les autres bibliothèques créées lors de l’installation de SAS (MAP, SASHELP,SASUSER) qui ne sont pas vidées en fin de session et dans lesquelles on ne modifie rien, on lit seulement.

proc sql;
   select *
   from sashelp.vslib;
quit;

pour une liste des vues de SASHELP et des dictionnaires SAS, vous pouvez consulter la feuille résumée suivante : www.codecraftersinc.com/pdf/DictionaryTablesRefCard.pdf.

L’instruction LIBNAME a plusieurs options. Mais étant utilisés de manières sporadique pour des cas bien particulier, cela ne relève pas d’un article pour débutant en SAS.