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Afficher toutes les valeurs possibles d’une variable définies dans un format avec PRELOADFMT option (PROC TABULATE)

décembre 2, 2009

Vous pouvez avoir besoin de réaliser un tableau comptant le nombre d’observations par catégories. Deux possibilités s’offrent à vous :
afficher le nombre d’observations parmi les catégories présentent dans vos données ou
afficher le nombre d’observations pour toutes les catégories possibles et imaginables définies dans un format. Les catégories non présentent dans les données ont alors une fréquence de zéro.

Par défaut, seules les catégories présentent dans les données seront retenues par PROC TABULATE.
Voici comment utiliser les options PRELOADFMT ORDER= et PRINTMISS pour prendre en compte tous les valeurs possibles et non seulement celles observées.

1. Préparer les données

Dans un premier temps, un format caractère $SEX est créé. Il prend trois valeurs possibles, M pour les hommes (male), F pour les femmes (female), et pour tout autre caractère, le label sera Missing.

proc format;
value $ sex ‘M’=‘Male’
‘F’=‘Female’
other=‘Missing’;
run;

2. Compter le nombre de garçons et de filles ayant une donnée pour l’âge.

Ici, on note que 10 garçons et 9 filles ont une donnée sur l’âge. Notez que la statistique n se limite aux valeurs non manquantes, sur le même principe que la fonction n. Si un âge est manquant, il ne sera pas inclus avec cette statistique mais avec la statistique nmiss.

proc tabulate data=sashelp.class;
class sex;
var age;
table sex=‘ ‘,age=‘ ‘*n=‘Freq’*f=5.;
format sex $sex.;
run;

A présent ce qui nous intéresse est d’afficher toutes les catégories possibles pour la variable SEX, comme définies dans le format $SEX.

Dans l’instruction CLASS, il faudra ajouter l’option /PRELOADFMT order=data.
Tandis que dans l’instruction TABLE, il faudra noter l’option PRINTMISS.

A la place de ORDER=DATA, vous pouvez mettre ORDER=FORMATTED, ORDER=UNFORMATTED ou encore ORDER=FREQ.

proc tabulate data=sashelp.class;
class sex/preloadfmt order=data;
var age;
table sex=‘ ‘,age=‘ ‘*n=‘Freq’*f=5./printmiss;
format sex $sex.;
run;

3. Calculer l’âge moyen des garçons et des filles

L’âge sera calculer en se servant des valeurs non manquantes.

L’âge moyen sera manquant (représenté par un point) pour les catégories de SEX où aucun âge n’est disponible. Vous pouvez remplacer ce point par un zéro via l’instruction TABLE au moyen de l’option /MISSTEXT=’0′.

Avant sans MISSTEXT=’0′

proc tabulate data=class;
class sex/preloadfmt order=data;
var age;
table sex=‘ ‘,age=‘ ‘*mean=‘Mean Age’*f=5./printmiss;
format sex $sex.;
run;

Après avec MISSTEXT=’0′

proc tabulate data=class;
class sex/preloadfmt order=data;
var age;
table sex=‘ ‘,age=‘ ‘*mean=‘Mean Age’*f=5./printmiss misstext=’0′;
format sex $sex.;
run;

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Combien de contrats ai-je au total ? (5/5) PROC TABULATE

novembre 24, 2008

Ce dernier article de notre série sur le calcul d’un total par variable (contrat) sous SAS aborde la procédure PROC TABULATE. Comme précédemment, les résultats sont redirigés vers un data set.

1. Rappel

La source de la thématique : Cette série d’articles est basée sur une question posée sur le forum de www.commentcamarche.net : vous pouvez retrouver la question d’origine sur leur site.

Les autres articles : Vous pouvez retrouver les précédents articles de la série ici :

Les données :Les données sont sauvegardées dans un data set nommé CONTRATS. Il contient 4 variables :

  • l’identifiant de chaque client CLIENT,
  • le nombre de contrats NB_CNTR et
  • deux variables binaires TEL et HABITAT indiquant si oui ou non les fréquences s’appliquent.

Au total, on compte 9 contrats téléphoniques et 5 contrats d’habitation.

Créer le data set CONTRATS

data contrats;
   input client $ nb_cntr tel habitat;
   datalines;
a 5 1 0
b 1 1 0
c 2 0 1
d 1 1 0
e 3 0 1
f 2 1 0
;
run;

2. La réponse de PROC TABULATE

Lister les variables dans l’instruction VAR : Dans un premier temps les variables binaires TEL et HABITAT sont listées. Là encore il faut préciser le poids de chaque valeur. L’option WEIGHT introduit la variable NB_CONTR, notre coefficient multiplicateur.

Exprimer le calcul requis dans l’instruction TABLE : Pour chacune des variables TEL et HABITAT, la somme est faite en tenant compte du coefficient. Les résultats sont des nombres entiers mais SAS ajoute par défaut des chiffres après la virgule (des zéros donc ici). Pour s’en débarasser, un format 5. est appliqué aux sommes. La sonne ne devra donc pas être un nombre avec plus de 5 chiffres.

Empêcher l’affichage dans la fenêtre OUTPUT : La sortie générée par PROC TABULATE s’appelle TABLE. Par défaut, le résultat est envoyé dans la fenêtre OUTPUT. Pour empêcher cette redirection le temps du PROC TABULATE, les options ODS EXCLUDE doivent être activées.

Rediriger ses résultats dans un data set avec l’ODS (Output Delivery System) : Le data set contenant les résultats s’appelle SOLUTION5. Il est créé avec l’instruction ODS OUTPUT.

*ods exclude table;
proc tabulate data=contrats;*out=solution5;
   var tel habitat / weight=nb_cntr;
   table tel habitat, (sum='Frequency')*f=5.;
   ods output table=solution5;
run;
*ods exclude none;

L’ancienne méthode pour créer un data set, l’option OUT= : L’ancienne méthodeconsiste à ajouter l’option OUT= dans l’instruction PROC TABULATE. Mais cette syntaxe n’est pas généralisable à toutes les procédures et est donc plus difficile à se souvenir pour des utilisations occasionnelles.

3. Améliorer le fichier de sortie

Un simple PROC PRINT sur le fichier SOLUTION5 montre que

_TYPE_ _PAGE_ _TABLE_ tel_Sum habitat_Sum

   0      1      1        9       5

Pour changer l’orientation des résultats, vous pouvez faire appel à un PROC TRANSPOSE.

proc transpose data=solution5 out=solution5 (drop=_LABEL_);
   var tel_sum habitat_sum;
run;

Reste à vous d’améliorer la présentation avec des RENAME, LABEL appropriés, etc.

  _NAME_     COL1
tel_Sum       9
habitat_Sum   5
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Ajouter des indentations dans un tableau

octobre 20, 2008

Avec PROC REPORT et PROC TABULATE, SAS crée des tableaux à partir d’un jeu de donnée (SAS data set). Dans certains cas, la lisibilité de ces tableaux est améliorée en ajoutant des indentations au texte (to indent). Nous verrons donc ici deux approches possibles : l’option INDENT de PROC TABULATE et le caractère hexadécimal pour les blancs dans PROC REPORT.

1. Un exemple pour illustrer la syntaxe sur les indentations

Dans les essais cliniques, trois types de tableaux/listings sont produits :

  • Démographie (demography) : descriptif des patients en terme d’âge, de sexe, de pays, etc.
  • Efficacité (efficacy) : l’efficacité du médicament par rapport à un autre ou par rapport à un effet placebo (le patient prend en médicament en pensant qu’il est actif alors qu’il ne l’est pas).
  • Sécurité (safety) : ces tableaux permettent l’analyse des effets secondaires d’un médicament.

Je vais prendre la cas d’un tableau démographique version réduite (trois colonnes) pour présenter la syntaxe sur les indentations.

  • La première colonne contient les caractéristiques démographiques (sexe et pays),
  • la seconde colonne compte le nombre de patients (N) pour chaque caractéristique
  • la troisième colonne donnera la répartition des patients en pourcentage (%).
---------------------------------
|                   |  N  |  %  |
|-------------------------------|
|Gender             |           |
|   Male            |   12| 48 %|
|   Female          |   13| 52 %|
|Country            |           |
|   France          |    6| 24 %|
|   Belgium         |   10| 40 %|
|   Luxemburg       |    9| 36 %|
---------------------------------

Des variables numériques pour ordonner les valeurs : Pour faciliter le tri des données, j’ai choisi d’avoir des variables numériques dans mon data set SAS sur lesquelles j’applique des formats.

  • Ainsi la premier variable (GRP) réfère à l’intitulé des caractéristiques démographiques : Gender (1) Country (2).
  • La seconde variable (SUBGRP) est l’ordre pour chaque caractéristique. J’aurais pu choisir des valeurs de 1 à 5 mais j’ai préféré que chaque chiffre des décimal corresponde à la variable GRP.
data patient_info;
   input grp subgrp cnt_n pct_n;
   datalines;
1 11 12 0.48
1 12 13 0.52
2 21  6 0.24
2 22 10 0.40
2 23  9 0.36
;
run;

Je choisi de créer des formats du même nom (GRP et SUBGRP) :

proc format;
   value grp     1='Gender'
                 2='Country';
   value subgrp 11='Male'
                12='Female'
                21='France'
                22='Belgium'
                23='Luxemburg';
run;

En outre, je crée un format avec PICTURE pour l’affichage des pourcentages. La raison est la suivante : par défaut, deux chiffres après la virgules apparaissent avec PROC TABULATE. De plus, je souhaite voir le symbole % s’afficher pour chaque pourcentage.

Un format BEST5. est ajouté pour des fréquences composées jusqu’à 5 chiffres sans décimale. De plus, il remplace les points par des blancs. Cela servira pour PROC REPORT.

proc format;
   picture pct (round) .     = ''
                       other = '099 %' (multiplier=100);
   value cnt           .     = ' '
                       other = [best5.];
run;

Dans les deux exemples qui suivent une indentation est formée de trois blancs.

2. L’option INDENT de PROC TABULATE

Dans l’exemple suivant, les deux variables GRP et SUBGRP sont traitées comme des variables textuelles.

L’instruction TABLE contient l’option INDENT= et précise ainsi le nombre de blancs pour décaler les valeurs de la variable SUBGRP vers la droite. Le résultat a été donné en début d’article.

proc tabulate data=patient_info noseps;
   class grp subgrp;
   table grp=''*subgrp='', cnt_n='N'*sum=' '*f=5.
                           pct_n='%'*sum=' '*f=pct.
         / rts=20 indent=3;
   format grp grp. subgrp subgrp.;
run;

Les options NO=SEPS et RTS= sont là pour personnaliser la mise en forme. Pour plus de précisions sur ces options, vous pouvez consulter la documentation en ligne :

  • NOSEPS sur la page « PROC TABULATE Statement »
  • RTS= sur la page « TABLE Statement »

3. Créer des variables alphanumériques (caractères) avec PROC REPORT

Ajouter une ligne pour chacune des caractéristiques : Toutes les informations sont créées manuellement. Ainsi, il y a en plus une ligne pour chaque groupe dans le data set SAS. Au lieu d’avoir 5 lignes, on en aura 7. Pour chaque nouveau GRP, la variable SUBGRP prendre la valeur du GRP + un zero afin d’apparaître en premier dans le rapport après un tri.

proc sort data = patient_info 
          out  = patient_report;
   by grp subgrp;
run;
data patient_report;
   set patient_report;
   by grp subgrp;
   output;
   if first.grp then
      do;
         subgrp=grp*10;
         cnt_n=.;
         pct_n=.;
      end;
run;

Trier par SUBGRP pour afficher les données dans l’ordre voulu.

proc sort data=patient_report;
   by grp subgrp;
run;

Une fois triées les données sont toujours numériques.

grp subgrp cnt_n pct_n

  1    10     .     .
  1    11    12  0.48
  1    12    13  0.52
  2    20     .     .
  2    21     6  0.24
  2    22    10  0.40
  2    23     9  0.36

Créer des variables caractères : la variable DSPLAY nouvellement créée peut contenir jusqu’à 15 caractères. Elle est composée des variables GRP et SUBGRP converties avec la fonction PUT.

Des hexadécimales pour créer des blancs : Les espaces sont créés à partir de valeurs hexadécimales. On répète ici trois fois A0 entre guillemets pour créer trois espaces. La lettre x qui suit précise à SAS qu’il s’agit d’hexadécimales. Ces trois blancs sont concaténés au résultat de la fonction PUT grâce aux deux barres.

data patient_report;
   length dsplay $15;
   set patient_report;
   if subgrp=0 then dsplay=put(grp,grp.);
   else dsplay='A0A0A0'x || put (subgrp,subgrp.);
   cnt_c=put(cnt_n,cnt.);
   pct_c=put(pct_n,pct.);
run;

Trier les données : La variable SUBGRP sert uniquement à définir l’ordre d’affichage des données mais n’apparaît pas dans le tableau final (option NOPRINT dans l’instruction DEFINE).

Enlever le titre de la colonne : La variable DSPLAY contient les caractéristiques démographiques. Aucun nom n’apparaîtra dans le titre de la colonne. Si les guillemets vides ne sont pas précisés, le nom de la variable est affiché.

Aligner à droite : Les variables caractères CNT_C et PCT_C sont affichées en tant que texte (DISPLAY) et leurs observations sont alignées à droite plutôt que d’être centrées (option RIGHT).

proc report data=patient_report;
   columns subgrp dsplay cnt_c pct_c;
   define subgrp / noprint order order=data;
   define dsplay / ' ' display;
   define cnt_c  / 'N' display right;
   define pct_c  / '%' display right;
run;

Dans ce cas, la sortie se présente sans ligne autour du cadre :

                     N      %
Gender
   Male             12   48 %
   Female           13   52 %
Country
   France            6   24 %
   Belgium          10   40 %
   Luxemburg         9   36 %

Sur le blog, vous trouverez d’autres articles sur les notions abordées ici :