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Lister fichiers et répertoires sous UNIX

novembre 2, 2013

La fonction call system permet dans le cas présent de stocker du code Unix pour rechercher des fichiers dans des répertoires données. Le résultat de la recherche est stocké dans un fichier .txt qui est lu dans une étape data.

1. Créer une macro variable pour stocker le chemin d’accès de la bibliothèque WORK

Le chemin d’accès à la bibliothèque WORK est extrait avec la fonction système PATHNA?E et est stocké dans la macro variable WORKDIR. Ce chemin d’accès sera celui où sera sauvegardé le fichier .txt de la recherche.

%let workdir=%sysfunc(pathname(work));

2. Utiliser call symput pour appeler la commande find d’UNIX 

La commande find est suivie de trois composants :

  • le chemin d’accès au(x) fichier(x) d’entrée. L’astérisk indique que tous les sous répertoire du répertoire PROJET sont consultés
  • le chemin d’accès au fichier final (ici resultat.txt) où sera stocké le résultat de la recherche. Dans l’exemple, le fichier est stocké de manière temporaire dans le répertoire utilisé par la bibliothèque WORK de SAS.
  • La page anglaise de Wikipedia http://en.wikipedia.org/wiki/Find explique que le code 2>/dev/null supprime des messages d'erreurs liés à des droits d'accès.

« If you’re doing this as a user other than root, you might want to ignore permission denied (and any other) errors. Since errors are printed to stderr, they can be suppressed by redirecting the output to /dev/null. »

Dans le second appel le double >> permet d’ajouter au fichier existant le résultat de la recherche au lieu de remplacer l’ancien.

data _null_;
   call system ("find c:/projet/*/demographie.sas7bdat > &workdir./resultat.txt 2>/dev/null
                      c:/project/*/laboratoire.sas7bdat >> &workdir./resultat.txt 2>/dev/null");
run;

L’étape data  sert à lire le fichier .txt et de la trocker dans un dataset (ici REF) via infile/input. Des options à l’instruction infile peuvent être ajoutées pour lire le fichier correctement.

data ref (keep=);

   infile "&workdir./resultat.txt" ;*lrecl=2000 truncover firstobs=1;

   input pathdsn $1-100;

run;
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Un alias de mes emails pour recevoir des newsletters

mai 25, 2013

Vous vous inscrirez probablement à plusieurs newsletters et ne souhaitez probablement pas les mélanger avec les messages de vos proches. Après avoir créé un alias dans votre messagerie, vous mettez en place une redirection vers un dossier newsletter pour ranger les messages adressés à cet alias séparément des autres messages.

Sur hotmail, clichez sur votre photo pour pouvoir sélectionner « Account Settings » et créer un alias. Une fois l’alias créé, cliquez sur l’icône de roue crantée pour choisir « More email settings ». ImagePuis sélectionnez « Rules for sorting new messages » et enfin « New » pour avoir l’écran ci-dessous. J’ai choisi de créer un répertoire du même nom que l’alias dans l’exemple.

Image

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Lecture d’été : Steve Job

mai 15, 2013

Steve Job est a mes yeux un créatif qui a défendu ses idées comme un peindre défend sa toile. Cette personnalité, qu’on aime ou non, ne laisse pas indifférent. Les 900 pages de sa bibliographie très accessible grâce à l’écriture simple et efficace de son auteur Walter Isaacson.

La bibliographie de Steve Job est disponible en version poche pour 8,45 euros.

Steve Jobs

Il existe une version audio pour 25,65 euros (3CDs) disponible à la FNAC. Vu l’écriture, cette version doit être agréable à écouter.

Enfin, Amazon propose une version numérisée sur sa Kindle Steve Jobs pour 10,99 euros. Je n’ai pas trouvé de format epub. Vérifiez bien que la version est en français avant de confirmer l’achat. Sachez que vous pouvez télécharger l’application Kindle gratuitement sur votre ordinateur pour lire la version numérique. Pas besoin d’acheter de Kindle.

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42.fr : formation informatique gratuite de 3 ans sur Paris

avril 18, 2013

L’émission de radio hebdomadaire de RMC « de quoi je me mail » a présenté une école privé mais gratuite www.42.fr qui ouvre ses portes à Paris à la rentrée 2013 pour se former en trois ans à l’informatique :

  • Chef de projet informatique
  • Architecte logiciel
  • Architecte réseau
  • Administrateur réseau
  • Développeur web
  • Expert en sécurité
  • Développeur de jeux vidéo
  • etc.

ecole_informatique_42

www.42.fr

Cette école a pour particularité de sélectionner ses profils sur des tests de logiques et non des diplômes. Ainsi pas besoin d’avoir le bac pour postuler.

A priori pas de SAS pour commencer mais qui sait pas la suite …

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Passer de CLASS CLAS à « CLASS » « CLAS » dans une macro variable

février 1, 2013

Mettre toutes les mots contenus dans une macro variable entre guillemets (quote en anglais) est un tâche plus fréquente qu’elle n’y paraît.
Une vois le code écrit, il est souvent plus rapide de faire du copier/coller et ensuite de modifier. Voici un exemple où DSN=CLASS CLAS sert à créer DSN_QUOTE= »CLASS » « CLAS ».

1. Exemple dans une macro

Dans l’exemple, la macro est PRINTDSN. Elle a pour tâche d’imprimer dans la log tous les datasets présents dans la bibliothèque SASHELP qui sont cités dans le paramètre de macro DSN, s’ils existent.

%macro printdsn (dsn=);

%let dsn      =upcase(&dsn.);
%let dsn_quote=%sysfunc(tranwrd(%nrstr(%")&dsn.%nrstr(%"),%str( ),%str(" ");

proc sql;
 create table ref as
 select memname
 from dictionary.tables
 where upcase(libname)='SASHELP' and
       upcase(memname) in (&dsn_quote.);
quit;

data _null_;
 set ref;
 call execute ('proc print data=' || memname || ';');
 call execute ('run;');
run;
%mend printdsn;
%printdsn(dsn=class clas);

Pour ma part j’ai pris l’habitude de mettre le contenu des macros paramètres en majuscule, et ce dès le début du programme, sauf besoin spécifique contraire. Ceci explique la ligne %let dsn=upcase(&dsn.);

De plus j’ai pris l’habitude de rajouter le suffixe _quote au nom de la macro variable. Dans notre exemple il y a la macro variable DSN mise en majuscule. Cette variable est ensuite mise entre guillemets.

La macro fonction %sysfunc() permet d’utiliser la fonction tranwrd dans une expression macro. La fonction tranwrd est composée de trois paramètres :

  1. le texte d’origine entre guillemets
  2. le partie de texte à remplacer dans cette chaîne de caractères
  3. le texte de remplacement

2. Le même exemple sans macro

L’exemple est présenté dans une macro. Pour tester le code, un simple %let et %put feront l’affaire. Le résultat s’affiche alors dans la log.

%let dsn=CLASS CLAS;
%let dsn_quote=%sysfunc(tranwrd(%nrstr(%")&dsn.%nrstr(%"),%str( ),%str(" ");
%put &dsn_quote.;
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SAS 9.2. : WARNING avec PROC SQL et l’option UNDO_POLICY=NONE

janvier 6, 2013

Depuis SAS 9.2, un nouveau WARNING apparaît dans la log quand le nom de la table SAS d’entrée est le même que le nom de la table SAS de sortie. Pour éviter ce message, l’option undo_policy=none est à ajouter dans l’instruction proc sql;. SAS support prévient néanmoins que l’usage du même nom en entrée et en sortie présente un risque et que l’option enlève l’avertissement mais pas le risque.

1. Le message dans la log

WARNING: CREATE TABLE statement recursively references the target table

 

2. Exemple

Ce code générerait le warning avec SAS 9.2 si l’option undo_policy=none n’était pas utilisée.

proc copy in=sashelp out=work;
   select class;
run;

proc sql undo_policy=none;
   create table class as 
   select name, age
   from class;
quit;

 

En savoir plus

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Aller-Retour entre dataset et format catalog avec CNTLIN en CNTLOUT

décembre 29, 2012

Dans un précédent article, je parlais des deux méthodes pour créer des formats avec une procédure proc format, la première étant de taper toutes les values dans une instruction value, la seconde étant de stocker ces valeurs dans un data set et de les convertir en format avec l’option cntlin. Aujourd’hui, je souhaite revenir sur l’option CNTLIN et son pendant CNTLOUT pour passer d’un dataset à un format et pour passer d’un format à un dataset.

1. Créer une table SAS (dataset) type

Pour débuter créons un data set (table SAS) appelée POP avec 4 colonnes START, LABEL, TYPE et FMTNAME. Cette table contient les données pour deux formats : un format numérique et un format alphanumérique. Ces deux formats sont appelés GRP.

data pop;
length start $40 label $200 type $1 fmtname $32;
retain fmtane 'GRP' type 'N';
start='10';
label='Per Protocol';
output;
start='11';
label='Modified Per Protocol';
output;
start='20';
label='Intent-to-Treat';
output;
start='21';
label='Modified Intent-to-Treat';
output;
type='C';
start='PP';
label='Per Protocol';
output;
start='mPP';
label='Modified Per Protocol';
output;
start='ITT';
label='Intent-to-Treat';
output;
start='mITT';
label='Modified Intent-to-Treat';
output;
run;

S’il est possible de convertir de convertir le nombre 100 stocker dans une variable alphanumérique en numérique, il est impossible de convertir le mot ABC en numérique. Dans cet exemple on comprend mieux pour quoi START est toujours alphanumérique qu’il s’agisse dun format numérique ou alphanumérique.

2. Passer d’un dataset à un format catalog

A présent la procédure proc format convertit le data set en format catalogue. Le data set est situé dans la bibliothèque (library) WORK. Il n’y a pas besoin de préciser la bibliothèque de la table POP. Par défaut le format catalog s’appellera FORMATS et sera stocké dans la bibliothèque WORK. L’option LIB n’est pas utilisé.

proc format cntlin=pop;
run;

Ainsi le code au dessus est équivalent à :

proc format cntlin=work.pop lib=work.formats;
run;

Le code proposé ci-dessus est uniquement là pour faciliter la compréhension. Sauf besoin particulier, la version simplifiée doit suffire.

3. Passer d’un format catalog à un dataset

Dans un second temps, je vous propose de convertir ce format dans un autre dataset.

proc format cntlout=pop2; 
run;

Ainsi le code au dessus est équivalent à :

proc format cntout=work.pop2 lib=work.formats; 
run;

A vous de jouez avec les proc print et librairies pour voir la résultat.

4. Rappel sur le nom du format

Notez ici que le nom du format est au maximum long de 32 caractères en  SAS 9.1.3 / SAS 9.2  et limité à 8 caractères pour la version SAS 8.2. Pour être plus précis, on a 32 caractères pour un format numérique et 31 caractères pour un format alphanumérique en SAS 9.1.3 et SAS 9.2, SAS gardant un caractère pour le symbole dollar $. SAS 8.2 fonctionnait sur le même principe : 8 caractères pour un format numérique et 7 caractères pour un format alphanumérique. Si le nom du format était trop long en SAS 8.2, SAS le coupe à la longueur maximum. Ainsi les nom  ALPHABETA et ALPHABETI sont interprétés pas SAS 8.2 en FMTNAME=ALPHABET pour un format numérique.

Aller plus loin