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Faire des petits avec l’instruction OUTPUT

mars 1, 2008

bouchons_fr.jpg 

Imaginez devoir créer plusieurs fois le même tableau avec des fréquences, des tests statistiques, etc. Pourquoi plusieurs fois ? Parce que chaque tableau inclus une population différente.

1. Une observation par tableau

Dans le cas le plus simple, chaque observation n’apparaît que dans un seul des tableaux à produire. Une variable identifie le tableau auquel l’observation est allouée et l’instruction BY utilise cette variable avec la procédure report ou autre.

Voici un exemple où les données sont publiées par pays dans des tableaux distincts. L’utilisation d’une valeur numérique pour le pays est optionnelle mais ajoute de la flexibilité pour trier les données.

proc format;
value cntry
1=’Chine’
2=’Malaisie’;
run;

proc report data=lab;
by cntry;
columns test cnt;

format cntry cntry.;

run;

2. Plusieurs tableaux pour une observation

Exemple : maintenant voici deux exemples des essais cliniques pour lesquels une observation peut servir à plusieurs tableaux.

  • Construire un tableau pour la population ‘per protocol’, un pour ‘intent-to-treat’ et un pour ‘safety’ : un patient valide par protocole est aussi pour l’analyse de sûreté mais tous les patients valides pour la sûreté ne répondent pas forcément aux critères du protocole.
  • créer un tableau par zone géographique : un tableau pour tous les pays couverts par l’étude clinique, un tableau par pays et un par centre dans un pays donné.

Dans ces deux cas, une observation peut être utilisée par plusieurs tableaux. La méthode précédente n’est plus suffisante. Voici la solution que je vous propose :

  • 1er tableau : extraire les observations correspondant au premier tableau en utilisant une condition listant le critère de sélection si besoin.
  • rendre ces observations uniques en ajoutant une nouvelle variable avec un numéro unique
  • sauvegarder ces observations dans un jeu de données
  • 2ème tableau : extraire les observations pour le second tableau
  • donner un numéro différent à ces observations
  • ajouter ces observations à celles précédemment sélectionnées
  • 3ème tableau : etc.

Dans l’exemple qui suit, quatre tableaux différents sont à produits. On intercalera le code suivant entre les procédures format et report mentionnées précédemment.

data lab;
set lab;
grp=1;
output;
if cntry=’CN’ then
do;
grp=2;
output;
end;
else if cntry=’MY’ then
do;
grp=3;
output;
end;
if cntr=1 and cntry=’CN’ then
do;
grp=4;
output;
end;
run;

3. Créer plusieurs jeux de données

L’instruction OUTPUT dirige, par défaut, les données vers le jeu de données nommé dans l’instruction DATA. Parfois, il faut créer plusieurs data sets à partir à partir d’un seul jeu de données. Par exemple, on créera un data set contenant les patients inclus dans l’étude et un autre ceux exclus. Pour cela, il suffit de nommer les nouveaux jeux de données dans l’instruction DATA et de rappeler leur nom dans chaque instruction OUTPUT.

data incl excl;
set pat_lst;
if missing (randomno) then output excl;
else output incl;
run;

4. Créer une variable numérique avec des valeurs continues

En combinaison avec une boucle, l’instruction OUTPUT permet de générer des nombres. Par exemple, j’ai eu besoin de tester une macro via un data set listant toutes les valeurs ASCII imprimables. Ces valeurs ont un numéro allant de 32 à 126. La fonction BYTE retrouve la valeur ASCII avec ces numéros.

data ascii (drop=i);
do i=31 to 126;
ascii=byte(i);
output;
end;
run;

Autres lectures : vous pouvez étendre votre lecture sur l’instruction DO et DELETE. L’instruction DO dispose d’un mot-clé BY. L’instruction DELETE est, quant à elle, l’inverse de l’OUTPUT.

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