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Structure un programme, un exemple en 5 étapes

janvier 22, 2008

Tel un menu, les commentaires donnent une vue d’ensemble de votre programme SAS. Par la suite, vous devez expliquer les étapes de votre développement. Mais comment agencer votre code ? Voici un exemple extrait de la pharmaceutique. Il s’agit de créer un tableau statistique extrait de données sur les essais cliniques.

1. Des valeurs rapidement accessibles pour la maintenance du programme : dans cette première section figurent les informations utilisables à tout moment dans le programme. Voici quelques exemples de mises à jour :

  • changement de répertoire de vos données ou programmes ;
  • changement des labels apposés sur vos données codifiées ;
  • pour connaître les valeurs prises par vos variables macros.

Suivre cette convention aidera les autres programmeurs à se familiariser avec votre travail.

2. Regrouper les informations : l’information à publier est, le plus souvent, à recueillir parmi plusieurs jeux de données. Il vous faudra donc les combiner. Par exemple, les données démographiques sur les patients seront à ajouter aux résultats de laboratoire. Si seule une sous population vous intéresse, il faudra supprimer les champs inutiles.

3. Extraire les statistiques : cette section peut inclure le calcul de simples fréquences et pourcentages. Elle peut aussi faire l’objet du calcul de tests statistiques.

4. Mettre en forme les résultats : chaque tableau devra suivre une mise en page précise. Les titres devront être adaptés à chaque tableau et ces dérivés. Les données codées se verront remplacées par du texte via des formats. L’ensemble pourra être lu par des éditeurs de texte ou sur des fichiers Internet.

5. Nettoyage : enfin vous pouvez faire du nettoyage en supprimant toutes les données temporaires, qu’il s’agisse de jeux de données, de catalogues, de fichiers .log ou de noms reconnus comme chemin d’accès à une bibliothèque de données. Ce travail vous sera d’autant plus bénéfique que vous exécuterez plusieurs programmes à la suite des uns des autres. Cela vous évitera de mauvaises surprises dues à l’utilisation involontaire de données en mémoire.

Tout au long de ces cinq étapes, vous ponctuerez votre code de commentaires. Un programme s’allonge très rapidement même s’il est bien écrit. Pour un simple tableau statistique en essai clinique il n’est pas rare de voir l’équivalent d’une dizaine d’écrans. Pour naviguer rapidement d’une section à l’autre, rien de tel que de numéroter vos commentaires. Un programme SAS est composé principalement de deux groupes de texte (data step et procedure). Commentez chacun bloque de texte. Par exemple, “extraire pour chaque effet secondaire, le nombre de patient l’ayant vécu”. Si une étape est inhabituelle, fournissez les raisons.

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